无菌袋物料的灭菌分为热力灭菌和冷灭菌、综合灭菌等。食品物料包装的物料灭菌到目前为止主要是热力灭菌，又分为低温灭菌、高温短时灭菌和超高温短时灭菌。主要灭菌介质有过热蒸汽、饱和蒸汽、干热蒸汽、湿热空气等；物料的冷灭菌方法主要指紫外线灭菌、辐射灭菌、微波灭菌等。综合灭菌是指两种或两种以上的灭菌方法同时使用，达到提高灭菌效果和缩短灭菌时间的目的。热力灭菌的基本原理是建立在食品品质及营养成分不遭受破坏的温度与微生物受热死。
选择食品灭菌温度的主要依据是食品内的细菌种类和细菌含量、物料的pH值、热敏性及易氧化性。食品中最值得关注的微生物是梭状芽孢杆菌，在无氧环境中生长，它比使食物腐败的普通细菌更受到重视，因肉毒芽孢引起的污染是致命的，又不显示出危险的征兆，如腐败的气味和味道。相对来说，高酸度的食物不易受梭状芽孢杆菌在内的微生物的污染。梭状芽孢杆菌在pH值≤4．6的介质中不生长，凶此，pH值的大小也是决定物料灭菌温度的主要因素。
采用换热器在瞬间把物料加热到接近100℃，然后速冷至室温。此方法需时较短，效果较好，有利于产品保质，主要用于杀灭酵母菌、霉菌、乳酸菌等。酸性食品的pH值在3.7~4.5之间，食品中的致病菌不易生长，但腐败菌可以生长，一般采用超高温瞬时灭菌或高温短时灭菌。对低酸性食品可通过加酸或发酵的方法使之转化为酸性食品，从而降低灭菌要求，提高货架寿命，此法用于处理食品中的番茄汁、乳酪等。
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